坛紫菜(Porphyra haitanensis)丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析

IOCAS-IR

	坛紫菜(Porphyra haitanensis)丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析
	庞国兴,王广策,胡松年,曾呈奎
发表期刊	海洋与湖沼
ISSN	0029-814X
	2005-09-30
出版年	2005
期号	05 页码:70-76
文献类型	CNKI期刊论文
摘要	采用改进的一步法提取坛紫菜丝状孢子体的总RNA,构建了坛紫菜丝状孢子体的cDNA文库,对测序得到的EST进行分析并与条斑紫菜的EST相比较。结果表明,cDNA文库共包含2.5×105个克隆,测序得到490个EST,其中275个与已知功能基因同源,占56.1%,260个EST与已知的条斑紫菜EST同源,占53.0%。使用GO(Gene Ontology)分类方法对275个EST进行分类,其中226个可归属于细胞组分(Cellular component)、分子功能(Molecular function)和生物学过程(Biological process)三个大类,而其余49个则为未知功能的EST。挑选出与条斑紫菜同源性高的28个EST,这些EST所包括的密码子数为3221个,发现密码子第三位的平均GC含量远高于第一位的平均GC含量和第二位的平均GC含量。统计坛紫菜丝状孢子体3221个密码子的使用频率,发现同义密码子第三位碱基偏好使用G或C。
关键词	坛紫菜 EST,GC含量密码子
CNKI专辑号	A
CNKI专辑名称	基础科学
CNKI专题号	A006;
CNKI专题名称	生物学;
分类号	Q943
收录类别	北大核心
语种	中文;
资助项目(基金）	国家自然科学基金面上资助项目,40476059、30170499、30250003、39890390号 ; 中国科学院知识创新重要方向性项目,KZCX2-211号 ; 中国科学院海洋研究所知识创新方向性项目(No.2002—2005) ; 海洋863项目(No.2004AA603220)。
文献类型	CNKI期刊论文
条目标识符	http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/198935
专题	中国科学院海洋研究所
作者单位	1.中国科学院海洋研究所 2.中国科学院基因组中心 3.中国科学院海洋研究所青岛266071中国科学院研究生院北京100039 4.青岛266071 5.北京101300
推荐引用方式 GB/T 7714	庞国兴,王广策,胡松年,曾呈奎. 坛紫菜(Porphyra haitanensis)丝状孢子体EST的获取及其生物信息学分析. 2005.