长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测

IOCAS-IR > 海洋环流与波动重点实验室

	长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测
其他题名	Isolationg and characterization of SNPs from EST Database of Pacific oyster (Crassostrea giga)
	王绍宗
学位类型	博士
	2009-05-17
学位授予单位	中国科学院海洋研究所
学位授予地点	海洋研究所
关键词	太平洋牡蛎单核苷酸多态性表达序列标签数据库片段长度差异等位基因特异性pcr
摘要	长牡蛎是重要的经济养殖贝类，良种化、抗逆性状及快速生长个体的培育是长牡蛎养殖业得以持续发展的基础。目前飞速发展的分子标记辅助育种技术为优良品种的快速培育提供了理论基础和实践经验。本研究以长牡蛎为主要研究材料，探讨了长牡蛎SNP标记的筛选和多态性评价。本研究利用已有长牡蛎EST库中的序列进行单核苷酸多态（SNP）标记开发。通过对长牡蛎（Crassostrea gigas）已有的EST序列数据库检索，经过序列聚类和拼接得到EST簇4548个，含有不少于4条EST序列的簇共1079个，经过进一步设置筛选条件，整理出可供利用的EST簇313个，得到候选SNP位点共计1140个。目前根据候选SNP位点共设计引物82组，通过片段长度差异等位基因特异性PCR（fragment length discrepant allele specific PCR，FLDAS-PCR）的分型方法，在一野生群体中进行检测和验证，结果共有17个SNP候选位点显示多态性，期望杂合度分布区间为0.088至0.506，观测杂合度分布区间为0.091至0.667；通过哈代-温伯格(HW) 平衡、连锁不平衡检验，结果显示除3个SNP位点的差异显著（P值<0.05）,不符合HW平衡之外，其他14个位点没有明显的连锁不平衡。对含有17个SNP的EST的共同序列进行BlastX分析，推测其功能并确定开放阅读框，从而预测17个SNP的性质。本研究表明对于目前基因组学研究尚处在初级阶段的海洋生物物种，通过基于EST数据库的SNP开发是一条重要途径，可以有效弥补海洋生物基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。
其他摘要	Pacific oyster (Crassostrea giga) is one of the traditional and also most important mollusks that are being widely eultured in China. The marker-assisted selection (MAS) provides the fundamental theories and applied experiences for this task not only in better utilizing the available resources but also increasing production in aquaculture. This research is to isolate and characterize of SNP markers for Pacific oyster. Around 29，000 EST sequences of Crassostrea gigas from Genbank were clustered into 4548 groups, among which 1079 contained 4 or more than 4 ESTs. After the manual quality filtering, 313 clusters could be used for the SNP development. Eighty-two candidate SNPs were amplified with fragment length discrepant allele specific PCR (FLDAS-PCR), among which 17 are polymorphic in a wild population. The functions of the ESTs were predicted, as well as ORF were deduced based on BlastX analysis. The expected and observed heterozygosities of the SNPs ranged from 0.088 to 0.506 and 0.091 to 0.667, respectively. No significant linkage disequilibria were observed with most of the loci. Only three loci did not conform to Hardy–Weinberg equilibrium at the level of P < 0.05. The results show that EST database is an important resource to develop SNPs for the species whose genome research is on the primary stage.
页数	56
语种	中文
文献类型	学位论文
条目标识符	http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/949
专题	海洋环流与波动重点实验室
推荐引用方式 GB/T 7714	王绍宗. 长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测[D]. 海洋研究所. 中国科学院海洋研究所,2009.

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