浒苔(Ulva prolifera)共附生细菌群落结构分析的引物优化

IOCAS-IR

	浒苔(Ulva prolifera)共附生细菌群落结构分析的引物优化
	刘晓杰; 赵瑾 ; 郭扬 ; 吴春辉; 陈华新 ; 姜鹏
发表期刊	海洋科学
ISSN	1000-3096
	2019-11-25
出版年	2019
卷号	v.43;No.366 期号:12 页码:37-43
文献类型	CNKI期刊论文
摘要	海藻共附生细菌密切参与宿主的生长发育、营养吸收等重要过程,浒苔(Ulva prolifera)是构成黄海绿潮的唯一优势种,对其共附生细菌开展群落结构分析,有望为成灾机制研究提供重要线索。由于植物叶绿体基因组同时具备原核特征和高拷贝数,会严重干扰共附生细菌基于16S rDNA的序列扩增。高等植物中开发了通用引物799F,利用其3′末端与植物同源区的非配对双碱基,可实现对细菌来源序列的特异性扩增。本文针对多个浒苔群体样本,首次评价了引物799F在藻类中的适用性,发现799F的3′末端与浒苔叶绿体同源区仅存在非配对单碱基,其扩增仍会受到浒苔叶绿体严重干扰。在引物799F的基础上,设计了新引物800F,与通用反向引物1492R配对扩增细菌16S rDNA中具高分辨率的V5-V9可变区,配合使用具热启动功能、同时不具校对功能的DNA聚合酶,可基本完全避免浒苔叶绿体来源序列的扩增,并阐明了方法的原理。优化的引物扩增方案可用于浒苔共附生细菌群落结构分析。
关键词	16S rDNA 共附生细菌浒苔(Ulva prolifera) 叶绿体引物
CNKI专辑号	A;B;
CNKI专辑名称	基础科学;工程科技Ⅰ辑;
CNKI专题号	A006;A010;B027;
CNKI专题名称	生物学;海洋学;环境科学与资源利用;
分类号	X172;X55
收录类别	北大核心
语种	中文;
资助项目(基金）	国家自然科学基金(41776153) ; 青岛海洋科学与技术试点国家实验室开放基金(QNLM2016ORP0303)~~
文献类型	CNKI期刊论文
条目标识符	http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/188393
专题	中国科学院海洋研究所
作者单位	1.中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室 2.青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物学与生物技术功能实验室 3.中国科学院海洋大科学研究中心 4.中国科学院大学
推荐引用方式 GB/T 7714	刘晓杰,赵瑾,郭扬,等. 浒苔(Ulva prolifera)共附生细菌群落结构分析的引物优化. 2019.