DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响

IOCAS-IR

	DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响
	李龙召 ; 黄平平; 徐奎栋; 赵峰
发表期刊	海洋科学
ISSN	1000-3096
	2022-07-15
出版年	2022
卷号	v.46;No.397 期号:07 页码:54-62
文献类型	CNKI期刊论文
摘要	环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g), DNA洗脱法(2 g), RNA直接提取法(2g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下, DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言, DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。
关键词	eDNA eRNA DNA/RNA提取纤毛虫分子多样性
CNKI专辑号	A;
CNKI专辑名称	基础科学;
CNKI专题号	A006;
CNKI专题名称	生物学;
分类号	Q958
收录类别	北大核心 ; 中科院核心 ; 中科院扩展
语种	中文;
资助项目(基金）	国家自然科学基金资助项目(41876171)~~
文献类型	CNKI期刊论文
条目标识符	http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/187391
专题	中国科学院海洋研究所
作者单位	1.中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室 2.中国科学院大学 3.山东省生物物理重点实验室德州学院生物物理研究院 4.中国科学院海洋大科学研究中心
推荐引用方式 GB/T 7714	李龙召,黄平平,徐奎栋,等. DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响. 2022.