栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig的验证研究

IOCAS-IR > 实验海洋生物学重点实验室

	栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig的验证研究
	黄超
学位类型	硕士
导师	相建海
	2011-05-23
学位授予单位	中国科学院研究生院
学位专业	海洋生物学
关键词	栉孔扇贝核苷二磷酸激酶荧光原位杂交 Bac 染色体鉴别
摘要	栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北部沿海一个非常重要的养殖种类。物理图谱是基因组测序、基因绘图、遗传改良和选育的关键工具。本课题组在BAC文库基础上构建了栉孔扇贝物理图谱，我们采用ABI 3130xl测序仪对两个BAC库总共81,408个BAC克隆进行了指纹分析。经过数据处理，我们最后得到了3,072条contig片段，每个contig平均包含41.2个克隆，平均大小521Kb，所有contig加起来总长度接近1.6Gb，覆盖1.3倍基因组。为了验证物理图谱contig组装的正确性，我们利用BAC-FISH技术将包含栉孔扇贝核苷二磷酸激酶基因（NDPK）的两个BAC克隆定位到染色体同一位置上；而在物理图谱上，这两个BAC克隆也是位于同一条contig上。BAC克隆的共定位结果从一个角度直观地证明了图谱组装的正确性。同时，核苷二磷酸激酶是一类存在广泛、高度保守，在细胞能量和信息传递中具有重要作用的酶，NDPK基因的染色体定位将对深入研究该基因的结构、功能以及应用于生产实践提供理论支撑。物理图谱的构建及低拷贝基因定位工作，将对栉孔扇贝基因组和染色体的深入研究以及图谱整合、染色体鉴别、图位克隆等工作提供重要参考。
语种	中文
文献类型	学位论文
条目标识符	http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/17817
专题	实验海洋生物学重点实验室
推荐引用方式 GB/T 7714	黄超. 栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig的验证研究[D]. 中国科学院研究生院,2011.

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栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关（657KB）			限制开放	CC BY-NC-SA	浏览